1、結構上：兩箱式冷熱沖擊箱只有高溫區和低溫區，而三箱式冷熱沖擊箱多了一個測試區。

2、測試過程上：兩箱式冷熱沖擊箱它的“測試區"是一個吊籃，裝載測試樣品在高溫區和低溫區之間移動，轉換時間只有10秒，能更好的模擬瞬時的溫度轉換沖擊，吊籃轉換到一個溫區后，因轉換前吊籃帶有另一溫區的能量。所以控制系統會啟動加熱或制冷來增加熱量或者冷量的補充讓溫度穩定。

三箱式冷熱沖擊箱的樣品放在測試區，不能移動。要做高溫沖擊就把高溫區與測試區的循環風道打開，其他關閉；要做低溫沖擊就把低溫區與測試區的循環風道打開，其他關閉。剛做完高溫沖擊，必須經歷一段常溫沖擊，就是要先關閉高溫區與測試區的風道門，把測試區的與箱體外的風道打開，一個抽出，一個抽進。溫度穩定后，如需做完整的常溫沖擊，這時就把溫度再恒定一段時間。如果不用做完整的常溫沖擊，這時馬上把測試區的與箱體外的風道關閉，接著把低溫區跟測試區的風道打開，進行低溫沖擊。反過來，也是一樣。

3、性能上：三箱式冷熱沖擊箱，高低溫沖擊間，必有排熱氣或冷氣先到常溫的過渡段。樣品不用打開箱門就可以做常溫沖擊。但兩箱式的不用經歷這個過渡，轉換的時間也更快，沖擊的溫差也可以更大，均勻度也更好，穩定時間也更短。只是因為吊籃不斷在冷熱環境中轉換，整個傳動系統也一樣經歷冷熱環境的考驗，壽命也比三箱的短。